Orhun Değişim Programı kapsamında yapılacak protokollerde, öncelikle iş birliği yapılması planlanan yükseköğretim kurumunun Yükseköğretim Kurulu (YÖK) tarafından tanınıp tanınmadığı Orhun Değişim Programı Kurum Koordinatörlüğü tarafından kontrol edilerek resmî tanınırlığı teyit edilir.

Tanınırlığı onaylanan kurum ile yapılacak iş birliğine ilişkin protokol taslağı hazırlanır ve Orhun Değişim Programı Kurum Koordinatörüne e-posta yoluyla iletilir.

Kurum Koordinatörü tarafından protokol taslağı ön incelemeye tabi tutulur; içerik, yapı ve usule ilişkin uygunluk değerlendirilir.

Ön incelemeden geçen protokol taslağı, karşı kuruma e-posta yoluyla gönderilir ve özellikle bölüm eşleşmeleri hususunda karşı kurumun ilgili birimleriyle görüş alışverişinde bulunularak onayları talep edilir.

Bölüm eşleştirmelerine dair gerekli mutabakat sağlandıktan sonra protokol, nihai hale getirilerek en az iki nüsha olacak şekilde hazırlanır.

Hazırlanan protokol nüshaları dijital ortamda taranır, renkli çıktı alınır ve imza süreci için Rektörlük makamına sunulur. 

Her iki kurumun da imzasının tamamlanmasının ardından, Rektör tarafından imzalanan protokol nüshalarından biri üniversitemizde kalmak üzere arşivlenir, diğer nüsha ise karşı kuruma gönderilmek üzere hazırlanır.

Orhun Değişim Programı Koordinatörlüğü tarafından imzalı ve mühürlü protokoller, fiziki olarak arşivlenmek üzere uygun koşullarda muhafaza edilir.

Protokolün dijital kopyası Elektronik Belge Yönetim Sistemi (EBYS) üzerinden Orhun Değişim Programı Koordinatörlüğü ile birlikte ilgili birimde yayımlanır.

Protokolde imzası bulunan kişilerin, ilgili kurumun resmî imza sirküsünde bu tür belgeleri imzalamaya yetkili olarak belirtilmiş olması gerekmektedir. Belgenin yalnızca bir kişi tarafından imzalanması halinde, bu kişinin tek başına imzaya yetkili olduğunun kurum tarafından resmî yazıyla teyit edilmesi zorunludur. Aksi takdirde protokol yasal olarak geçersiz sayılır.

Protokol metninin her sayfasının paraflanması, imza sayfasının imzalanması, kurum kaşesi veya mührünün basılması ve imza tarihinin açıkça belirtilmesi gerekmektedir.